檢驗食品中微生物的種類、數量、性質及其對人的健康的影響，以判別食品是否符合質量標準的檢測方法。
食品微生物檢驗方法是食品質量管理必不可少的重要組成部分，它是貫徹“預防為主”的方針，可以有效地防止或者減少食物人畜共患病的發生，保障人民內的身體健康。食品微生物檢驗是衡量食品衛生質量的重要指標之一，也是判定被檢食品是否食用的科學依據之一。
通過食品微生物檢驗，可以判斷食品加工環境及食品衛生情況，能夠對食品被細菌容污染的程作出正確的評價，為各項衛生管理工作提供科學依據。
三個方面的內容：
第一類是致病菌及其毒素，比如沙門氏菌、副溶血性弧菌、單增李斯特菌、金葡菌腸毒素等，它們主要導致胃腸道疾病，嚴重的會造成肝、腦、腎等臟器的損害，甚至死亡知。；
第二類是產毒真菌和真菌毒素，包括黃曲霉毒素、伏馬菌素、展青霉素等，它們或造成人的急性中毒事件，或道因長期攝入，造成消化道癌癥和某些地方病。
第三類是病毒和寄生蟲。
